Les 45 îles calcaires de la baie de Bacuit s'élèvent verticalement au-dessus d'une eau si claire que l'ombre des pirogues strie le sable six mètres plus bas. L'archipel est resté un coin reculé de pêcheurs jusqu'en 1979, lorsque des plongeurs étudiant le mur de Taytay ont documenté les formations karstiques et le corail en eau peu profonde qui allaient plus tard ancrer le zonage de conservation d'El Nido. La visite A — l'itinéraire des lagons — serpente à travers sept de ces îles, un circuit de 22 kilomètres qui commence aux lagons jumeaux de Miniloc et se termine à la plage de Seven Commandos. L'itinéraire lui-même est le produit d'un compromis. Lorsque l'office municipal du tourisme a officialisé le système de saut d'îles en 1998, il a divisé la baie de Bacuit en quatre circuits pour répartir la pression touristique sur la réserve marine. La visite A a revendiqué les sites phares : l'entrée cathédrale du Big Lagoon, le passage en kayak du Small Lagoon, le jardin de corail de l'île Shimizu et le croissant de sable blanc de Seven Commandos. En 2003, des bancas partagées transportaient 60 passagers par jour le long de cet itinéraire. Une location de bateau privé pour une excursion à El Nido inverse cette économie : votre groupe seul, votre créneau de départ, votre temps d'arrêt à chaque étape. Les lagons occupent les flancs opposés de l'île Miniloc. Big Lagoon s'ouvre par une brèche de 10 mètres dans la paroi karstique ; l'eau à l'intérieur est trois degrés plus chaude que celle de la baie, chauffée par le rayonnement solaire et un échange de marée minimal. Small Lagoon se cache derrière une seconde bande de falaises, accessible uniquement en kayak par un passage de 1,2 mètre de large à marée basse. Le calcaire ici est une roche récifale du Miocène, vieille de 18 millions d'années, sa face parsemée d'encoches de marée qui enregistrent les niveaux de la mer passés. L'île Shimizu ancre le point médian de l'itinéraire, un site de plongée en apnée nommé d'après un plongeur japonais qui a cartographié sa pente de corail dur dans les années 1980. La couverture corallienne ici — 34 % selon l'étude récifale de 2024 — est la plus élevée de la baie nord, soutenue par la position de l'île dans une zone de remontée de nutriments. La plage de Seven Commandos ferme la boucle, une étendue de 250 mètres bordée de cocotiers et de bois de fer. Le nom honore une unité de Marines philippins qui s'y est entraînée pendant l'insurrection des années 1970 ; la plage elle-même est maintenant le mouillage de déjeuner désigné de la visite, son sable compacté par des décennies d'atterrissages de mi-journée. Un bateau privé pour une excursion à El Nido quitte la ville d'El Nido entre 8h30 et 9h00, atteignant les lagons avant que la vague de bateaux partagés n'arrive à 10h00. La traversée de retour prend 45 minutes à la voile si les alizés du nord-est sont présents.