As 45 ilhas calcárias da Bacuit Bay elevam-se verticalmente de uma água tão clara que as sombras dos barcos projetam-se na areia a seis metros abaixo. O arquipélago permaneceu um refúgio de pescadores até 1979, quando mergulhadores que pesquisavam a Taytay Wall documentaram as formações de karst e os corais de águas rasas que mais tarde ancorariam o zoneamento de conservação de El Nido. O Tour A — a rota das lagoas — atravessa sete dessas ilhas, um circuito de 22 quilômetros que começa nas lagoas gêmeas de Miniloc e termina na Seven Commandos Beach. A rota em si é um produto de compromisso. Quando o escritório municipal de turismo formalizou o sistema de saltos entre ilhas em 1998, dividiu a Bacuit Bay em quatro circuitos para distribuir a pressão dos visitantes pela reserva marinha. O Tour A ficou com os locais principais: a entrada da catedral de Big Lagoon, a passagem de caiaque de Small Lagoon, o jardim de corais de Shimizu Island e o crescente de areia branca de Seven Commandos. Em 2003, bancas compartilhadas transportavam 60 passageiros diariamente ao longo da rota. Um fretamento de barco privado em El Nido inverte essa economia — apenas seu grupo, sua janela de partida, seu tempo de permanência em cada parada. As lagoas ocupam lados opostos da ilha de Miniloc. Big Lagoon abre através de uma lacuna de 10 metros na parede de karst; a água lá dentro é três graus mais quente que a baía, aquecida pelo ganho solar e pela troca mínima de maré. Small Lagoon esconde-se atrás de uma segunda faixa de penhasco, acessível apenas por caiaque através de uma passagem de 1,2 metros de largura na maré baixa. O calcário aqui é uma rocha de recife do Mioceno, com 18 milhões de anos, sua face marcada por entalhes de maré que registram níveis passados do mar. Shimizu Island ancora o ponto médio da rota, um local de mergulho batizado em homenagem a um mergulhador japonês que mapeou seu declive de coral duro na década de 1980. A cobertura de coral aqui — 34% de acordo com o levantamento de recifes de 2024 — é a mais alta na baía norte, sustentada pela posição da ilha em uma zona de afloramento de nutrientes. A Seven Commandos Beach fecha o ciclo, uma faixa de 250 metros cercada por coqueiros e casuarinas. O nome homenageia uma unidade de fuzileiros navais filipinos que treinou aqui durante a insurgência da década de 1970; a praia em si é agora o ancoradouro de almoço designado para o passeio, sua areia compactada por décadas de desembarques ao meio-dia. Um passeio privado de barco em El Nido parte da cidade de El Nido entre 8:30 e 9:00, chegando às lagoas antes que a onda de barcos compartilhados chegue às 10:00. A travessia de retorno leva 45 minutos a vela se os ventos alísios do nordeste estiverem soprando.